臨床上，甲功三項可用于甲狀腺功能的評估以及甲狀腺機能減退和甲狀腺亢進等疾病的輔助診斷及治療監測。在孕前、妊娠期甲狀腺疾病的檢測及新生兒篩查中亦具有重要意義。

甲狀腺疾病對女性生殖功能以及妊娠結局有不良影響，因此，甲狀腺功能檢查也被國家衛健委列入孕前及孕期保健指南的備查項目。國外研究發現，妊娠期甲亢孕早期發生自然流產、孕晚期胎死宮內風險增加。妊娠期甲亢危象起病急，進展快，病死率高，一旦發生，嚴重威脅孕婦及胎兒健康。

另外，通過新生兒疾病篩查，可以對患有先天性甲狀腺功能低下患兒做到早發現、早治療。先天性甲狀腺功能低下癥是一種由于先天性甲狀腺發育障礙,不能產生足夠甲狀腺素而引起生長遲緩、智力發育落后的疾病。該病在新生兒期往往是隱匿的,不易引起家長甚至醫生的注意而延誤診斷和治療,從而影響大腦發育,導致不可逆性損害。

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