1.腦卒中致腦損傷的診斷
腦卒中分為兩種：缺血性腦卒中（腦梗死）和出血性腦卒中（腦出血）。S100β是腦損傷的特異性指標。通過檢測腦卒中患者的血清S100β的水平，可以判斷患者是否腦損傷，腦損傷的嚴重程度，幫助醫生評估患者預后并作出合理的治療決策。
2.蛛網膜下腔出血早期腦損傷評估及預后
蛛網膜下腔出血患者S100β蛋白濃度在發病24 h內即顯著升高。發病1周時S100β蛋白濃度越高的患者，其6個月后神經系統的病癥越嚴重。因此動態監測血清S100β蛋白水平對預測遲發性腦血管痙攣繼發腦缺血損害的評估有一定臨床意義。
3.顱腦損傷的診斷、嚴重程度評估與預后
顱腦創傷是神經外科中最常見的疾病，是交通事故、建筑、暴力打擊后最常見的合并癥。顱腦創傷占全身創傷發生率第二位，但致死率和致殘率位居第一，成為兒童和中青年人群最主要的死亡原因。通過檢測顱腦損傷患者血清中S100β的水平，可以判斷是否發生了腦損傷以及嚴重程度，從而更好地防御及治療。
4.中樞神經系統感染鑒別
中樞神經系統感染病原體很多, 包括病毒、 細菌、 結核菌、 真菌、 螺旋體等, 是危害兒童健康的常見感染性疾病, 其中以化膿性腦膜炎、病毒性腦炎和結核性腦膜炎最為常見, 具有較高的病死率和致殘率?？梢酝ㄟ^檢測血清中S100β的水平，診斷感染性疾病引起的腦損傷，在腦損傷的診斷和預后方面具有重要價值。
5.S100β蛋白與早產兒腦損傷早期鑒別與療效評估
我國早產兒出生率8%左右，早產兒WMD（腦白質損傷）發生率8%～26%。檢測腦脊液中S100β蛋白的含量變化，可比目前影像學檢查提前判斷腦損傷的情況。檢測腦損傷早產兒 S100β蛋白變化，有助于判斷急性期腦損傷的嚴重程度，有助于早期干預，盡可能減少神經系統后遺癥的發生，還可以評估預后。
6.缺血缺氧性腦病嚴重程度鑒別以及療效評估
目前臨床采用MRI、CT等影像學方法作為主要手段進行明確診斷，檢測血液或腦脊液中 S100β濃度作為補充診斷。在應用S100β做初次診斷時，該方法具有較高的靈敏度和一定的輔助診斷能力。
7.手足口病并發腦炎患兒早期診斷及預后評估的臨床價值
手足口病并發腦炎患兒血清S100β水平比正常兒童血清中的S100β的含量明顯偏高，且隨著病情嚴重程度的增加，S100β的含量也明顯增加。所以血清中S100β 水平可作為手足口病并發腦炎的早期診斷及判斷病情嚴重程度的特異性標志物。
8.小兒癲癇腦損傷早期敏感指標
癲癇為兒科神經系統常見的疾患，不同類型癲癇發作后及發作早期與中期神經損傷程度有不同的差異，血清S100β蛋白可作為 癲癇腦損傷早期敏感指標，并判斷腦損害嚴重程度。由于S100β生物半衰期僅1～2 h，故動態觀察可用來判斷病情演變及預后。
9.精神分裂癥首次發病患者的療效預測
研究表明，精神分裂癥患者血清中存在涉及神經營養、免疫和神經損傷的多種蛋白因子濃度。S100β作為一種精神分裂癥活性的生化定量標志物, 具有較高的特異性和敏感性, 可以作為反映精神分裂癥療效和預后的指標。